Liderada por Pein e é formada por criminosos de rank S, majoritariamente ninjas que desertaram de seus vilarejos.Eles caçam os bijuus que vivem dentro dos ninjas como Naruto. Eram 10 membros originais, número reduzido atualmente devido à saída de Orochimaru. Cada membro possui uma bandana de seu vilarejo de origem com um risco transversal, um anel identificando suas posições na organização, um chapéu de palha e uma roupa negra decorada com nuvens vermelhas. Cada anel possui um símbolo diferente, podendo ser vários tipos DIFERENTES de quadrados com a mesma medida.
Quando os membros saem à campo, trabalham em duplas, geralmente coletando informações, e novos jutsus. Seu principal alvo é focado na captura dos jinchuurikis, o poder do sacrifício humano (pessoas que possuem bijuus em seu interior). O processo de extração destes demônios é letal, resultando na morte do portador do Bijuu, e esta extração é feita por meio do Genryuu Kyuu Fuujin. Até o momento, a Akatsuki têm seis bijuus — o demônio é reconhecido pelo número de caudas, podendo variar de um até nove —, sendo o primeiro Shukaku , de Gaara, e o último a Kyuubi de Uzumaki Naruto.
O anel Akatsuki não pode ser retirado da mão enquanto o portador estiver vivo. Os anéis já existiam antes da organização, e são parte dos requisitos para se tornar um membro. Além de ter que possuir a jóia, o aspirante também deve ser notavelmente forte e habilidoso. O 10º lugar ainda não foi substituído, visto que Orochimaru ainda está com o anel.No manga número 42, foi revelado por Itachi Uchiha, que a organização foi fundada pelo imortal Uchiha Madara.
Pain
Muito pouco se sabe sobre este personagem mas estima-se que ele seja bastante poderoso. Pain possui a habilidade de criar cópias perfeitas de outros ninjas conservando até mesmo os poderes únicos da linhagem avançada de cada um. Pain também possui a habilidade de trocar de corpo através de uma máquina sendo 6 o número total de corpos que ele pode utilizar.
Em todos os corpos de pessoas que ele armazena,ele veste uma roupa da akatsuki.Os corpos são selecionados de acordo com as necessidades para a batalha, mas todos possuem vários piercings e círculos cinzas em torno das pupilas (o Rin’negan). Pain (Nagato), Yahiko e Konan foram discípulos de Jiraya. Konan em certo ponto mencionou que Pain jamais perdeu uma luta. Possui um doujutsu lendário chamado Rin’negan que está no rank de melhor dos 3 doujutsus existentes.
Quem possui o Rin’negan de verdade, consegue usar qualquer ninjutsu que bem querer, e também, que provavelmente o criador do mundo shinobi (o ninja que deu origem aos ninjutsus) possuia essa técnica ocular.Pain, se acha um “Deus” pelo seu grande poder, e também porque está sempre evoluindo. Aparentemente um dos corpos que Pein usa é o de Yahiko, seu antigo amigo. Konan aparenta ser o braço direito de Pain.
Konan
Até o presente momento só se sabe que ela tem cabelo azul, com um ornamento em forma de flor branca feito de papel (origami) e um piercing acima do queixo. A missão dada para ela foi capturar a Kyuubi no Youko de Uzumaki Naruto, junto com Pain, que está sempre acompanhado a ela. Seu único jutsu conhecido é de manipular e se tranformar em origamis. Também se sabe que foi aluna de Jiraya junto com Pain(Nagato).
Zetsu
Um membro misterioso da organização. Não sabe-se nada a respeito de suas habilidades. Restaram comprovados, até agora, que possui “dupla personalidade” (ou duas metades em um mesmo corpo, diferentes). Possui a habilidade de fundir seu corpo a diversos materiais (como troncos de árvores, rochas). Um de seus trabalhos na Akatsuki é o de devorar corpos que eles não acham mais úteis, para sumir com pistas. Tem uma visão de longo alcance, vendo quem se aproxima. Sua vila de origem é da Grama.
Uchiha Itachi
O irmão mais velho de Uchiha Sasuke. Também possui um Sharingan, assim como Kakashi e Sasuke. Para obter a versão final do Sharigan, o Mangekyou Sharingan, teve que matar o seu melhor amigo(Uchiha Shisui). Logo depois, matou todos os membros do clã Uchiha apenas para medir seu poder. Porém, deixou um sobrevivente, o seu irmão Uchiha Sasuke afirmando que ele não serve nem para morrer.
Após este massacre, Itachi fugiu de Konoha e tornou-se um dos membros da organizaçâo Akatsuki. É extremamente habilidoso em genjutsus e tem naturalmente pela parte do seu clã, técnicas boas de Katon(fogo). Faz par com Hoshigaki Kisame. Uchiha Sasuke quer matá-lo custe o que custar para se vingar e restabelecer o seu clã novamente. Ele foi considerado um dos melhores Uchihas da história.
Hoshigaki Kisame
Fez parte do grupo dos 7 Espadachins da Névoa, assim como Momochi Zabuza e Kurosuki Raiga(Embora este não ser canônica por aparecer em um Filler). Seu estilo de luta é mesclado entre a utilização de sua espada, a Samehada e poderosos Ninjutsus baseados no Suiton (Elemento Água). Segundo Hyuuga Neji, Kisame parece possuir tanto chakra quanto Naruto tanto é que foi considerado por Pain a pessoa com a maior quantidade de chakra da Akatsuki. É um Nukenin da Vila Oculta da Névoa.
Sasori
Um mestre tanto na criação quanto utilização de marionetes e tido como um dos membros mais poderosos da organização. A maioria das marionetes utilizadas eram de sua criação, e as considerava como uma arte, porém imperfeita. Sua arte tornou-se perfeita com a criação do Hitokugutsu, que transformava um ser humano em uma marionete e mantendo suas habilidades de quando era vivo e possuía a capacidade de utilizar-se de até 100 marionetes de uma só vez.
Conseguiu matar e transformar em marionete Sandaime Kazekage. Conhecido como Sasori da Areia Vermelha (Akasuna no Sasori), se deixou matar por Haruno Sakura e Chiyo, sua avó e anciã da Vila Oculta da Areia, no momento em que a última ultilizou as marionetes de seus pais para desferir um golpe em forma de abraço. Fazia dupla com Deidara, com quem brigava constantemente.
Deidara se referia a Sasori como mais forte do que ele e até o respeitava, de certa forma. Para Sasori, a arte é aquela que aparece e permanece, sendo assim bela.
Deidara
Deidara usa para a sua luta sua argila. É uma argila normal, guardada dentro de uma mochila, sempre ao lado do ninja. Com as duas bocas que tem nas suas mãos, Deidara modela a argila, colocando o seu chakra modificado dentro. Esse bicho, cuspido depois, tem a forma de algum animal (normalmente uma ave).
Deidara entra na Akatsuki após desafiar e ser derrotado por Itachi que diz que a sua arte é superior a dele. Capturou Gaara na Vila Oculta da Areia perdendo seu braço para este feito. Ele perdeu o outro braço com o Mangekyou Sharingan de Hatake Kakashi. Era dupla de Sasori, porém passou a fazer dupla com Tobi após sua morte. Assim como Sasori, era um fã de arte, mas ele tinha um conceito diferente do Sasori sobre a arte: para ele a arte era aquela que aparecia e sumia com um lindo final.
Também capturou Sanbi, demônio de 3 caudas, com a ajuda de Tobi. Era da Vila Oculta da Pedra (Iwagakure). Morre após sua luta com Uchiha Sasuke, se explodindo para tentar derrotar o inimigo com quem causa muito dano.
Tobi
Um dos membros mais misteriosos da organização Akatsuki. Tobi foi o último membro a entrar na Akatsuki. Ele possui uma máscara em espiral que lhe cobre todo o rosto possuindo apenas um buraco no olho direito. A personalidade de Tobi é bem diferente dos outros membros da organização. Enquanto todos os outros se mostram sérios, Tobi é engraçado e desajeitado. Muito pouco se sabe sobre as suas habilidades.
Durante a luta de Deidara contra Uchiha Sasuke, Deidara causa uma auto-explosão que destrói tudo a sua volta no raio de quilômetros na tentativa de matar Sasuke, e supostamente matando Tobi também que estava por perto. Porém, ao reaparecer, no capítulo 364, Tobi surpreendeu a todos mostrando visíveis alterações de personalidade desse ponto da estória em diante,e dizendo algo come “conheçam o verdadeiro poder de UCHIHA-MADARA!!” deixando de ser um brincalhão atrapalhado para uma figura que realmente mostra e demonstra força.
A também boatos de que Tobi é realmente Uchiha Obito, ex-companheiro de Kakashi que ao salvar sua vida se sacrificando, Obito deu um dos seus Sharingans para Kakashi, isso explica o Sharingan de Kakashi apenas no olho esquerdo e também que a mascara de Tobi so tem um furo no olho direito. Porem, a real endentidade de Tobi não foi mostrada ainda.Embora a teoria sobre sua identidade ser Uchiha Madara ganhou,ao Itachi revelar que Uchiha Madara criou a organização.No manga 42 esta em batalha com Uzumaki Naruto,KIBA,Shino, Hinata Hyuuga,Hatake Kakashi e Sakura Haruno.
Hidan
Um ninja extremamente religioso, que tem como habilidade especial a imortalidade. Não importa quanto dano sofra, ele continua a se levantar. Uma prova disso foi ter sido decapitado por Sarutobi Asuma, e permanecer com vida. Utiliza-se de uma foice com três lâminas, presa a uma corda e faz uso disso conseguindo um pouco de sangue de sua adversário, o que é suficiente para matá-lo.
Uma vez que toma o sangue de seu inimigo, Hidan é capaz de fazer uma espécie de ritual e todo o dano que sofrer será revertido ao dono do sangue ingerido desse modo ele perfurou sua propia barriga fazendo os danos serem revertidos para Asuma, que pouco depois faleceu. Fazia parceria com Kakuzu. Foi neutralizado por Nara Shikamaru (aluno de Asuma), que o prendeu em um buraco e o explodiu com selos explosivos. Seus restos, que cairam dentro do buraco, onde foram enterrados, prometeram vingança.
Kakuzu
Possui dentro de seu corpo uma espécie de rede de fios, que faz com que seja capaz de esticar seus braços a longas distâncias. Além disso, possui 4 monstros com máscaras que deixapresas em suas costas, dentro de seu corpo. Quando as libera, podem utilizar chakras diversos - Água(Suiton), Vento(Fuuton), Fogo(Katon) e Eletricidade(Raiton).
O chakra básico de Kakuzu é de terra (Doton). Possui uma habilidade chamada “Kurogane no Karada” que lhe permite endurecer sua pele. Possui 5 corações, 1 para cada máscara ou seja, para matalo tem que destruir seu coração 5 vezes.Ele possui uma tecnica que permite que ele lute utilizando cada “monstro” e o seu próprio. É tão velho que chegou a lutar contra o Shodaime Hokage(Primeiro Hokage) de Konoha. É da Vila Oculta da Cachoeira, e fazia dupla com Hidan. Foi derrotado por Naruto, graças ao seu Fuuton Rasenshuriken, e exterminado pelo Raikiri de Kakashi.
Orochimaru
Um ex-membro da Akatsuki. Deixou a organização pois resolveu seguir seus próprios objetivos. Obcecado pela idéia de ser imortal, passou a desenvolver jutsus com esse propósito, dentre eles, o jutsu de transferência de corpo. Orochimaru deixou o vilarejo de Konoha e a Akatsuki, sendo, portanto, perseguido por ambas. Criou o Vilarejo Oculto do Som, localizado no País do Campo de Arroz.
Tentou invadir Konoha, matando o Terceiro Hokage(Sarutobi), porém fracassou em sua invasão mas matou o Sarutobi.Muito tempo depois (ums 2 anos e meio, foi morto por Uchiha Sasuke, que após ter recebido treinamento do próprio Orochimaru resolveu matá-lo. Orochimaru mostrou sua forma real (uma serpente branca) e tentou roubar o corpo de Sasuke utilizando seu jutsu de transferência de almas, mas fracassou após se deparar com seu Sharingan que reverteu o efeito do jutsu.
No arco atual Kabuto revelou a Naruto que incorporou os restos mortais de Orochimaru após sua luta contra Sasuke e que o organismo agora está se alastrando pelo seu corpo. Kabuto afirma também que pretende dominar o organismo e superar o próprio Orochimaru.