Shino facilmente o derrota, mas é envenenado, e quase morre. Temari e Kankurou resgatam Gaara, que havia perdido para Uzumaki Naruto, e o levam embora, espantados que Gaara resolveu mudar de atitude: se preocupando com as pessoas e o amor.

Recebe uma missão com seus dois irmão, a de ajudar no resgate a Uchiha Sasuke. Kankurou salva Inuzuka Kiba na luta dele contra Sakon e Ukon, matando os dois irmãos gêmeos. Temari, Kankurou e Gaara voltam para Suna.

Fica feliz ao ver seu irmão virar Kazekage, e decide proteger os ideais novos de Gaara. Fica espantado ao ver Gaara lutar contra um membro da Akatsuki, e perder, sendo levado embora. Segue o invasor, e se depara com outro membro da Akatsuki, Sasori. O ninja inimigo facilmente lê os ataques de Kankurou, e o envenena. Kankurou está fadado a morre, mas Haruno Sakura, enviada de Konoha, chega e o salva do veneno.

Pede para Uzumaki Naruto, que chegou junto com ela, para ele salvar o Gaara. Quando se recupera, parte com Temari atrás do time de Hatake Kakashi, que havia ido atrás de Gaara, junto com vários ninjas. Chega na hora em que ele acorda, presenciando Chiyo trocar a sua vida pela a do Kazekage. Voltam para casa, feliz por Gaara estar vivo.

Kankurou, apesar de ser um genin, é poderoso, e experiente na arte do Kugutsu no Jutsu. Sua marionete principal é o Karasu. Ele fica guardado dentro de faixas, podendo ser usado para Kawarimi no Jutsu. Tem armas escondidas, como agulhas na sua boca, mãos que se separam, tendo agulhas escondidas, entre outras.

Sua maior utilidade é quando está em conjunto com o boneco Kuroari. Quando este prende o oponente, Karasu se separa e coloca lâminas dentro do Kuroari, matando quem estiver preso. Mais tarde, usa o Sanshouou, outra marionete.