Ele juntou ninjas jovens, fortes, sendo tudo ultra-confidencial. Eles fizeram missões, só que depois de algum tempo essa organização deixou de existir, ou foi assim que pensou Sarutobi. Danzou continuou seus planos. Com a morte do Hokage, ele esperava assumir o posto.

O conselho, porém, apontou Jiraya, que não quis e apontou Tsunade. Ela voltou para Konoha e virou a nova Hokage. Danzou ficou nervoso com ela lá: era neta do primeiro Hokage e aluna do Sarutobi, e como tal agia que nem os dois.

Danzou treinou um garoto de nome desconhecido (que para essa missão ganhou o nome Sai) para que ele não tivesse sentimentos e estivesse pronto para a maior missão dele, a mais importante. Danzou colocou Sai no time Kakashi, junto com o jinchuuriki da Kyuubi, Uzumaki Naruto, na missão de pegar e levar para Konoha o espião que Sasori (da Akatsuki) colocou infiltrado no Orochimaru.

Assim começou a missão de Sai, observando a luta de Uzumaki Naruto e Orochimaru. Quando ela acabou, Sai se aproximou de Orochimaru com uma mensagem. Assim que leu a mensagem, Orochimaru disse que Sai pode ir com ele. O objetivo de Danzou é a destruição de Konoha, sendo um de seus principais movimentos a aliança com Orochimaru.Tendo como verdadeira missão matar o Uchiha Sasuke que estava sendo treinado por Orochimaru.

Sai mudou sua missão após um belo discurso de Naruto sobre amizade como tinha por Sasuke e sua intenção de trazê-lo de volta a Konoha. Então Sai passa a ajudar o Naruto a trazer Sasuke de volta a Konoha.